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重磅发布丨仙湖植物园利用基因捕获技术重建

来源:植物园 时间:2022/5/3
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我是谁?

我从哪里来?

我要到哪里去?

古往今来

科学家们尝试从不同角度解释生命的终极意义

生物学家达尔文在《物种起源》中

提出“生命之树”的概念

自此科学家们开始了漫长的生命之树重建之旅6/6

生命之树

年6月6日,深圳市城管和综合执法局在仙湖植物园召开新闻发布会,向媒体和公众通报了深圳市仙湖植物园使用基因捕获技术重建藓类植物的生命之树取得重要进展。

发布会上除了对藓类植物生命之树的研究进展和成果进行公布,还安排了DNA测序实验室参观、苔藓植物收集和展示、记者问答等环节。

什么是生命之树?

藓类系统发育的科学研究有什么困难?

这次重要进展意味着什么?

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什么是生命之树?

生命之树就是从生物学的角度解释这几个问题

生命之树(TreeofLife,简称TOL)也称系统发育树(PhylogeneticTree),代表着整个创世体系。具体是指经历了38亿年的演化,地球上的每一种生命形式都有其来源,而物种之间的关联及其进化历史就像是一棵树。从单细胞的微生物到复杂的动植物,每个物种都可以在这棵树上找到其最近缘物种和最近共同祖先,或在根部,或在主干,或在某一个枝杈上。生命之树展现的是所有现存的以及灭绝的生物类群间的亲缘关系,由此可以帮助我们理解生命的起源、各大门类生物的起源及其亲缘关系、生物进化的形式、现存生物多样性的存在方式和动态变化以及何种生物正处于灭绝边缘。

“生命之树”的概念自年提出以来,各界生物学家、植物学家就不断研究不断补充,所以“生命之树”的规模越来越大,可信度也越来越高。

古老或经历快速辐射的类群是生命之树重建中的难点。

重建生命之树

古老的植物类群——藓类

藓类是一古老的植物类群,起源于距今约4亿年前的泥盆纪,现存1万3千余种。藓类植物形态特征简单,且缺少化石记录,加之进化过程中经历过多次快速辐射事件,使得藓类大尺度的系统发育关系至今没有得到很好的解决。

系统发育基因组学为重建这些类群的系统发育关系提供了机会,但其发展受制于如何快速、低成本地获得大量的基因组数据。

年4月2日,深圳仙湖植物园刘阳课题组与美国康涅狄克大学BernardGoffinet教授合作在《NatureCommunications》杂志在线发表了题为“Resolutionoftheordinalphylogenyofmossesusingtargetedexonsfromorganellarandnucleargenomes”(利用基因捕获技术重建藓类系统发育)的研究论文。

该研究使用基因捕获技术获得了藓类植物线粒体、叶绿体、核三套基因组数据,成功地在目级水平上重建了藓类的系统(下图)。

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研究人员选取了种藓类,代表了属64科,覆盖了藓类目前所接受的30个目的29个目,使用基因捕获技术获得了每个物种个质体(40线粒体、82叶绿体)基因和个单拷贝核基因的数据。

系统发育基因组学分析为藓类植物建立了可靠的目级系统框架,解决了一些疑难类群的系统关系,如:黑真藓类Andreaeophytina、皱蒴藓目Aula

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